Я Акронисом не очень пользуюсь, так, иногда проверяю чем они радуют а в основном сижу на старом Paragon Hard Disk Manager 6.0 pro
Так вот, попробуй для начала обновить MBR и загрузочную запись раздела.
Также, скачай с сайта производителя жесткого диска утилитки проверки поверхности жесткого диска, и проверься на битые сектора.
Далее грузись в Windows.
Тормоза в Windows из за неспособности про-инициализировать твои жесткие диски.