Какое именно ПО и что именно интересует? у каждого своя специфика и задачи. Отсюда будут варианты и концепции. т.ч. вопрос очень тумманый задан.

Сам работал 6 лет в глазном центре (государственный): задачи учета посещений решали одними средствами; кассовое обслуживание,зп и отчеты другими.
С исследовательским оборудованим шло свое ПО. В Питере несколько контор разбили этот участок. Для регионов почему-то каких-то мостров предланают (под MSSQL, и связь с оборудованием, которое никогда государство не поставит)