Просто из логики можно предположить, что если дефрагментация винта большая (процент дефрагминтированных файлов очень высок), то это только ухудшает ситуацию. Ведь ему приходится за одним фалом бегать головкой по всему диску. Но это при непосредственном обращении к файлам. Я не знаю как организован поиск в винде, но могу из здравого смысла предположить, что он идёт по таблице данных, а не по самим файлам. А таблица дефрагментации не поддаётся. Значит, по идее, если автопоиск работает, то это не должно отражаться на работе.
Но это всё домыслы. Я не вникал в принципы работы винды. Лучше спрашивать у них.