А как скорость со встроенным ftp-клиентом (не пользуюсь FAR'ом и ему подобным для таких целей, м.б., есть дополнительные настройки)?
В принципе загрузку могут замедлять многие причины (не связанные с протоколом - от антивируса до фрагментации диска).