Держать на одном физическом носителе разделы NTFS (Windows) и EXT4 (Linux) чревато нехорошими последствиями. Как бы ни был внимателен пользователь, рано или поздно, по собственному ли недосмотру, или в результате некорректной работы какого-либо приложения (в Linux нередко случается), риск потерять раздел NTFS очень велик (пару раз сам нарывался). Вывод - установку Linux желательно делать на отдельном физическом насителе при отключенном приводе с загрузчиком Windows, таким образом получим независимые загрузчики. Какой диск будет грузиться по умолчанию, настраиваем в BIOS (допустим Windows), если есть необходимость загрузить Linux, воспользуемся клавишей меню загрузки <F8> , например (на других компьютерах может быть другая клавиша, не говорю уж о ноутах. На ноутах, кстати, с из разделами восстановления, проблема еще острее. Если все же создание разномастных разделов на одном диске - единственный выход из положения, то не используйте какие-либо менеджеры загрузки, дабы продлить срок жизни такому диску.