Проблема не в Windows Installer, а в той программе которую пытаешься пропатчить.
Возможно когда либо ранее была установлена ещё какая-то версия этой программы, либо программа переустанавливалась, и переустановили её не коректно.
Попробуй с помощью стороннего софта удалить её, почистить реестр от мусора, перезагрузиться и установить снова.