Смотри, сделал премию, с настройками, как ты и описал (для простоты тестировая поставил в базу только оклад, процент 50). Делаю начсиление за сентябрь:
по окладу - 1000 Опл дней/часов - 22 (месяц отработан полностью)
премия 50% - 255 Опл дней/часов 22 (это сентябрьские, правда, зачем они там нужны - тайна покрытая мраком). Теперь как получились 255 руб. В августе у работника был отпуск на 2 неделе и в августе по окладу было 510 руб (*50% = 255).
Все считается... причем релиз младше, я на 2.5.12.1...