установка поверх в режиме рекавери имеющейся системы оставляет всё на своих местах, при этом изменяет только системные файлы.
правда может и вирусок (точнее видоизмененный драйвер) оставить и тормоза и краши начнутся вновь.
а вот рекавери вшитое - то в большинстве случаев действительно просто тупо сносит диск С и закатывает заводской образ, при этом все что на диске Д остается нетронутым.