Ну может просто формы давно не обновлялись? Потому как текущих СФ должно быть как минимум две и без указания года. А все остальные если есть с указанием года. Для начала выясните списываются ли партии с ГТД. По документу реализации нужно посмотреть движения документа в кнопке действия. В разделе Учёт партий ТМЦ найти хоть одну партию с указанием ГТД, если таких нет, то значит при поступлении неправильно внесли. У меня даже самые старые формы печатают ГТД если он есть, этот механизм уже лет 5 не меняется. И ещё в справочнике фирмы в разделе Учётная Политика - метод расчёта себестоимости должен быть выбран FIFO (или LIFO что очень редко), это периодический реквизит, так, что внимательней с датой на которую устанавливаете. И если FIFO не стоял, то после установки нужно перепровести все документы.