Хороший человек помог выйти из стуации: оказалось, что в нескольких старых счетах бухгалтера задали кол-во субконто 5, а в обновлениях - 3. Проблема решилась созданием новой конфигурации путём установки релиза, изменением кол-ва субконто в ней на 5, сохранением и последующим обЪединением основной конфигурации с измененной новой.