обновиться можно и на 516 сразу
но сначала посмотрите чем отличается ваша конфигурация от типовой
может сами изменили план счетов? какие документы доработаны?
с типовой 514 на типовую 515 (516) изменений Плана счетов нет, а значит, и не может быть обработки проводок
это какие-то ваши изменения
вопрос, какие?
выложите скриншот изменений (в виде дерева) при объединении конфигураций