БП 2.0 поднять до 3.0 можно без откатов к предыдущим конфам. Как правило, обновления для 2.0 и 3.0 выходят почти синхронно, нужно просто скачать самые последние конфы, обновить 2.0 и обновляться до 3.0.

По поводу сканера. если все ОК, но не сканирует ШК, то нужно в первую очередь разобраться с сканером.