система пишет служебное сообщение, что не списано по партиям 2 шт, но документ проводит
Судя по сообщению - косяк в партионном учете (сделан расход "по партиям", но к нему нет корректного приходника).
Ну а проводит потому что расходный ордер не "отвечает" за количественный учет.