Как я выяснила, берется остаток на начало месяца и вычитается уже ранее погашенная стоимость
Вы явно ошибаетесь. Если "берется остаток на начало месяца", то это уже "первоначальная стоимость минус ранее погашенная стоимость".

Ну а так - нужно смотреть как реализовано списание (в отладчике). Как вариант - что-то не так провели (отразили в учете).