С такими системами дела иметь не приходилось, но касательно boot.ini
в multi,rdisk,disk - номер диска на который установлена 2003 можно посмотреть в "Управлении дисками", partition - номер логического раздела на этом жестком диске с:=1 d:=2 и т.д.
Но при этом стоит внимательно посмотреть параметры запуска ядра относительно ntldr. более подробно на эту тему можно почесть на http://www.oszone.net/display.php?id=3183&do=print

multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Windo ws Server 2003, Enterprise RU" /fastdetect