Если активировали однопользовательские лицензии на каждом компьютере, то смена сервера где лежит база 1С никак на лицензии не повлияет. Если активировали многопользовательскую лицензию на серваке, и после этого меняете железо, лицензия слетает, активируете заново и проблем нет.