В бухгалтерии 2.0 самое простое завести несколько цен - оптовая, розничная, розничная - 10%, по карте и т.д. Для установки цен номенклатуры используйте документ Установка цен номенклатуры, его можно сформировать на основании поступления. А у меня есть обработка, где по поступлению автоматом проставляются цены и формируется несколько документов.