вначале нужно отделить "мух от котлет":blush: и понять, что для указанного варианта нужно иметь корректно работающих "два в одном лекарства". Т.е. для работы сервера 1С предприятия должен быть свой серверный ключ (установленный аля локально), а для клиентов должен быть свой ключ, либо установленный локально на клиенте, либо локально на сервере 1С предприятия, либо сетевой ключ (механизм hasp-loader).
Т.е. в твоем случае это может быть косяки клиентского ключа, косяк пача терминальника, косяк серверного ключа).
Куда копать - хз... Но я бы пошел бы следующим путем:
1. максимально локализировать проблему - Установить 32-х разрядный сервер 1С предприятия (re-pack) и убидиться что к нему нормально стучаться и работают клиенты на обычной машине (т.е. проверить корректность пача клиента).
2. немного расширить круг - посмотреть насколько корректно пропачен терминальник, т.е. клиенты терминальника должны нормально работать с 32-х разрядным 1С предприятием.
3. переходить на работу под 64-х разрядным 1С предприятием (смотреть насколько корректно работает эмулятор 64-х битного ключа)