Для начала я бы сделал так:
В каталоге где установлена программа 1С 8х, не путать с каталогом где расположена база, есть внешняя процедура тестирования и исправления баз 1С - chdbfl.exe
Путь такой C:\Program Files\1cv82\bin. Надо проверить и пролечить этой процедурой, она в тяжелых случаях помогает быстрее и эффективней.
Запустить эту утилиту выбрать в каталоге где лежит база файл 1Cv8.1CD, поставить галочку "Исправлять обнаруженные ошибки" и надавить на кнопку выполнить.
У вас скорее всего действительно нарушена целостность базы.