Пишем внешний отчет с одной исполняемой строкой:
Код:
ОбщегоНазначения.ХранилищеОбщихНастроекСохранить("ОбщиеНастройкиПользователя", "ЗапрашиватьПодтверждениеПриЗавершенииПрограммы", Истина)
И запускаем его под пользователем... всё! :)