звуковухи любят конфликтовать, помню с GUSём когда-то мучился (реально ресурсы не могла система поделить), недавно с caystal (оказалось плохо в слоте сидит, подключается через раз, в итоге как подключиться конфликт, перегрузка, устранение конфликта, случайное отключение и все по новой)... но чтоб с FDD! никогда у меня с FDD ничего не конфликтовало. впрочем такое могло бы быть, если ресурсов системе не хватает, а дисковод их никогда не занимал и вдруг был подключен.... НО! винда с поддержкой ACPI (вин98 и все после) недостатком ресурсов не страдает! и разрешит любой конфлик после одной перезагрузки.
в общем вероятнее всего проблема в контакте шлейф-материнка. или на матеинке контроллер ёк.