День добрый.
Есть вполне себе успешные решения для торговых организаций.
Если у Вас торговая, то можете читать дальше (про неторговые не могу сказать точно):
Совершенно, не обязательно все вести на разных субсчетах. Можно вводить доп. субконто: (склад или Подразделение,Касса) на типовых счетах. И вести учет в разрезе этих субконто.
Для бух. учета в данном случае, рекомендую Бухгалтерию 2.0 или Бухгалтерию КОРП (там уже есть разбивка по субконто (как раз для сетевых организаций).
Введение кассовых книг настроить можно только уже за отдельную плату (по крайней мере в типовой бухгалтерии (не КОРП).
А вообще, если организация торговая, то можно предложить централизованную бухгалтерию в центр. офисе, а на местах оформлять исключительно документы (в том случае, если подразделения некрупные).