Настройки параметров учета вводятся перед ведением учета. Если изначально не было установлено ведение учета по складам, то и документами движений по складам не создано. При изменении флага учета по складам (аналогично "по партиям") необходимо перепровести все складские документы.
Посмотрите по кнопке ДтКт в документе какие движения созданы, есть там Субконто - склад?