проверьте учетную политику. Установлен ли параметр "Регистрировать счета-фактуры всегда при получении аванса". именно по этой причине и будут выписываться с-ф на аванс. Можете изменить настройку на "Не регистрировать счета-фактуры на авансы, зачтенные в течение 5-ти календарных дней"