по Win serv.2003 R2 SE SP2

[Leonhart]

RaidMAX

и может получиться так что и на родном сервере операционка откажется грузиться.

Маловероятно, сколько пробывал, на родном диск всегда грузился без каких либо глюков, а вот на том куда переливаешь не всегда.
По моему личному опыту это сильно зависит от того насколько старое железо используется.

Так же я думаю будет уместно пробовать сначала грузиться в безопасном режиме, т. к. многие дрова не загружаются.

А это да.... Или в настройках системы создать профиль загрузки "Без драйверов".