Естественно, необходимо восстановить загрузчик Linux, но хочется сказать о том, что установка Windows и Linux на один физический диск ни к чему хорошему не приводила - Linux рано или поздно убьет Windows. Хотите иметь Windows и Linux на одной машине - устанавливайте системы на пару физических дисков, тогда и с затиранием загрузчиков проблем не будет в случае переустановки какой-либо из систем.