Уважаемый elislav я так понимаю ты правишь бут.ини что бы загрузить Линукс? бросай это гиблое дело виндовый загрузчик (MBR) это тебе никогда не сделает. Тебе нужно восстановить загрузчик Линукса (GRUB или Lilo) вот он умеет грузить винду. И без разнцы на отдельных жестких у тебя ОС-ки или на одном но разбит на разделы.