Встречался подобный глюк...
Только там загрузка подвисала на рэндомное время на всех стадиях (загрузка биоса, определение железа).
Бага крылась в самом винте - состарился и посыпался.
Но примечательно то что со старой, погрызанной вирями виндой всё работало более менее сносно и на загрузку уходило минут 5 (старенькая машинка), а после установки новой винды комп стал грузиться минут по 30.
Поставь мониторилку винта и глянь чего он кажет может быть менять пора.

А вообще есть такие пациенты которых легче пристрелить чем вылечить.
Если тут имеет место спортивный интерес то вперед и желаю удачи, но на твоем месте я бы сохранил всё что нужно и грохнул бы оба раздела переразметив всё по новой.