код справочника стал не уникальным

[vall]

пробовала, потом другие документы продолжают эту нумерацию

Тогда установи контроль уникальности номеров в пределах подчинения через конфигуратор

[avm3110]

Тогда установи контроль уникальности номеров в пределах подчинения

Вы наверное что-то путаете. "В пределах подчинения" это по реквизиту "Владелец" (т.е. это только для справочников у которых установлен признак подчиненности), а выше речь шла о "группах", т.е. о реквизите "Родитель".