Склад розничный, я правильно понимаю? Как вариант, можно попробовать так:
1. На основании Поступления Товаров и Услуг делаем Установку Цен Номенклатуры, тип цен Закупочная.
2. На основании полученной Установки Цен Номенклатуры делаем Переоценку Товаров в Рознице.

Сейчас попробовать не на чем, но насколько могу догадаться должно перенести все позиции, а не только те которые без цен ещё.