Как вариант вот: http://zalil.ru/34388667 . Решение далеко не оптимальное, спать хочетяс)) Потестить не удалось, т.к. Ваша конфа жадная.
У Вас
Склад.Регистратор.Проведен = ИСТИНА //Зачем? Если Ложь, то его в регистре быть не должно вообще, если я правильно понимаю. Ну м.б. если обращаетесь к физической таблице регистра, хотя это не оптимально.

Общий ход моих рассуждений таков:
1) Из таблицы док-тов Поступление выбрать все проведенные и поместить их во временную таблицу
2)из СкладОбороты выбрать номенклатуру, место хранения и период, все это при условии попадания Регистратора в временную табличку из 1)