Задача решена следующим образом
Скрипт AutoIt:
Код:
#include <File.au3>
ClipPut(_PathGetRelative($CmdLine[1], $CmdLine[2]))
Скрипту задаются в качестве параметров 1-ый - путь к папке, 2-ой - путь к файлу. Значение относительного пути передаётся в буфер обмена.