Это сделать будет достаточно сложно без дописывания конфы.Для синхронизации данных однозначно нужны какие-то полностью идентичные поля(например новое поле общего идентификатора) ну и конечно порядок в методологии работы с данными, т.е. например все данные заносятся в 1С, а потов все выгружаются в интернет-магазин. И начинать нужно именно с продумывания методов работы, иначе бардака не избежать...