Не совсем понятно описанная проблема. Установлен ли на серваке AD (active directory), Под какими правами не запускаются приложения в терминале? Какой был вирус? Единственное, что на данный момент могу подсказать это - зайти в терминал под админом и запустить любое приложение, если оно запустилось, то проблема остается толко в сильно ограниченных правах пользователей.