1С 8.2?
Если так, то можно попробовать следующее:
- выгружаем конфигурацию из ЦБ
- отвязываем признак подчиненного узла от ПБ(узел становится как просто база), и через конфигуратор загружаем наш файл конфигурации.
- привязываем признак подчиненного узла нашей ПБ
- пробуем произвести обмен между конфигурациями.

Делать лучше на копиях БД. Отвязка/привязка ПБ производится из режима предприятия обработкой "ГлавныйВПодчиненный.epf"
Не знаю как привязать обработку. Могу кинуть на мыло.