Вероятно нужно сделать закрытие месяца, т.к. явных указаний по расчету себестоимости, при перемещении, я не нашел.

Думаю тут нужно сравнить движения по документам продажи, от организации где рассчиталась себестоимость и где нет, соответственно должна быть разница.
Если нет, то скорее всего косяк. Если конфа на поддержке написать в сапорт 1С, через сайт ИТС. Мне 1С всегда отвечает, не быстро но все равно.