Закоментить - то без проблем, только скорее база у Вас не декомпилированная....или всё же есть расшифрованные части модулей проведения (которые устанавливаются в корень конфигурации, если есть, то как вам удалось их расшифровать?). если все зашифрованные куски есть в расшифрованном виде, то в принципе могу их раскидать по модулям проведения и убрать вызовы ключа защиты.