Нет, не заполняется. Даже если изначально запускать файл в котором указаны контрагенты, он их нормально выгружает и заносит в базу, но когда выгружаешь заказы, по данному контрагенту, он не заполняет поле Плательщик. И по мелочи пишет "Услуга Транспортно-экспедиционные услуги имеет Ед.изм, отличающуюся от переданной в файле". Хотя это уже не критично.