Для переноса данных из базовой 1.6 нужно:
1.Обновить ее до версии 1.6.31.1 (самой последней)
2. Пользователям базовых версий рекомендуется выгрузить данные из рабочей информационной базы в файл, а потом загрузить их в новую информационную базу. Для выгрузки данных, в состав дистрибутива включена обработка «Выгрузка данных в Бухгалтерию предприятия редакции 2.epf», которая расположена в папке «Convert» каталога шаблона информационной базы. Обработку следует открыть в информационной базе редакции 1.6, указать файл, в который будут выгружены данные и выбрать, какие данные следует выгрузить.
3. В редакции 2.0 в Помощнике перехода следует выбрать вариант загрузки «Загрузить данные из файла».Затем следует указать файл, в который были выгружены данные.После загрузки документы автоматически проводятся, и программа проверяет корректность загруженных данных. В случае возникновения ошибок выводится отчет с указанием этапа, на котором возникли ошибки и рекомендации по их устранению.
Более подробно смотри здесь http://its.1c.ru/docs/perehod_1.6_2....od_1.6_2.0.php