А я всетаки их удалил, правда не понял как. Чтото на угад потыкал в правах в конфигураторе и он мне потом дал все удалить. Поставьте на одного пользователя все права какие возможно...
А по контрагент-договор, нужно в контрагенте/договоры с договора снять "основной", чтобы он небыл жирным, и тогда должно удалиться