Скорее всего было не совсем корректно проведено обновление не-совсем типовой конфигурации.Скорее всего конфигурация была дописана (например добавлено это самое поле ИД, и вполне возможно что что-то еще).Вы же после обновления сделали из вашей дописанной конфигурации типовую.Проблема в том, что поля (и данные в них соответственно), которые были дописаны - удалились.Естественно, добавить новое поле в конфигурации - проще простого, вот только данных там не будет.Если есть возможность восстановить архивную копию, то лучше это сделать...