Для ответа нужно знать идентичные ли по конфигурации инф. базы, и их версии (проф или базовые)
Для идентичных баз при проф версии можно настроить управление распределенными базами.
Можно использовать внешнюю обработку "Выгрузка и загрузка данных XML 8.3" (есть на диске ИТС) (можно использовать в базовой)
Если базы разные (например Управление торговлей и Бухгалтерия), то нужны правила обмена и используется штатная обработка "Универсальный обмен данными".
Могут быть и другие механизмы обмена, смотри например на Инфостарте