Не совсем четко поставлен вопрос, поэтому приведу описание задачи, которую сам реализовывал в свое время.

Задача была следующая - имеем документ Перемещение, который может перемещать товары между складами филиалов. Необходимо чтобы на одном филиале был только расход, на втором только приход, в центре были все движения, а на остальных филиалах этого документа и его движений не было вообще. Реализация:

1. Допиливаем модуль проведения документа, чтобы на соответствующих филиалах выполнялись только соответствующие движения (на нужных филиалах расход или приход, в центре и то и то)
2. При отправке данных из центра на филиал смотрим указан ли в перемещении склад этого филиала и если не указан (документ не должен на этот филиал уходить) отправку игнорируем
3. При получении данных по обмену перепроводим документ для формирования "правильных" движений

Это общая идея, а в вашем конкретном случае нужно уже смотреть какие документы, какие движения и т.д.