где этот отбор описывается или настраивается? в модуле или под пользователем?
Э-э-э....
А когда писали вот это:

не полностью выводится список сотрудников: общий и по подразделениям
то отбор "по подразделению" или "общий" где настраивали - под пользователем или в конфигураторе?

Но мы ушли от сути вопроса. Вы проверили? Нашли "потерянные души"? Смысл ломать то, что нормально работает?