Нечто подобное было с настройками ТСД, с 1С ТСД работает по RDP.
Так вот, передача данных через COM не использовали (УТ 11.1 так не работает), передается строка и ENTER, для того чтобы все нормально работало на сервере нужно было установить старый драйвер Atol для сканера (это официальный ответ тех поддержки 1С, хотя может быть с новым драйвером 1С и будет тоже работать). После этого настраиваем драйвер на клавиатуру, пост фикс ENTER, и готово.
Таким же образом настраивал работу в терминальной сесии на десктопе, только сканеру штрихкода в настройках указал постфикс (т.к. по умолчанию сканер ничего не посылал), и опять же работает все, пробросов портов не надо.