Использовать внешнюю обработку при выборе номенклатуры без внесения изменений в конфигурацию вряд ли получится. Можно использовать обработку для изменения табличной части, тогда появится кнопка типа "Заполнить количество" и уже в заполненной части зафиксируются нужные количества, либо подбор осуществлять во внешней обработке, потом переносить в документ. Подробнее смотри в ссылке (для обычных форм) http://infostart.ru/blogs/345/.