Купленная лицензия 1с распостроняется только на 1 базу или просто на 1 клиент с неограниченным количеством баз?
Если говорить про файл-серверный вариант (а похоже именно о нём идёт речь), то 1С лицензирует только "рабочее место" конкретной конфигурации ( например "Бухгалтерия предприятия " или "Зарплата и управление персоналом корп"). При этом совсем не запрещается вести сколько угодно баз одной и той же конфигурации (модифицированной самим стандартной конфигурации), причем часть из них например идёт в БП 2.0, а часть в БП 3.0

То что ведут учет разных юрлиц, так это уже вопрос к правоохранителям (хороший повод приколебаться с вопросом "а почему у вас учет ведётся на ПО иной фирмы или почему у вас в офисе основные средства другого юр. лица, а договора аренды или ответственного хранения нет и т.д.)