Делаем АРХИВ ОБЯЗАТЕЛЬНО. Не через конфигуратор
Э-э-э... А в чем "архив через конфигуратор" вам помешал? А что предлагаете делать если база клиент-серверная?

то после обновления происходит бесконечный процесс "загрузки конфигурации"
Это вы пытаетесь зайти в 1С предприятия или же проблема при входе в конфигуратор?

З.Ы. Вообще-то сейчас актуальная конфигурация 3.0.38.53