Как бы структуировать все эти определения по конфигурациям
А что тут структурировать? :blush:
В основе есть:
- конфигурация ( структура метаданных плюс кодинг);
- информационная база ( включает все что входит в "конфигурацию" плюс сами данные).

Если база находится на поддержке, то соответственно она должна хранить конфу поставщика (иначе как ей будет обновляться), есть безусловна та конфигурация по которой "размещаются данные" и есть тот вариант конфигурации в которую вы внесли изменения, но ещё не "накатили" на структуру данных (иногда эта операция заканчивается фэйлом и идет откат к конфигурации БД).

А так же нужно понимать, что есть "типовые конфигурации" (конфигурации которые вы покупаете у 1С или иных их партнеров) и есть "самописки" (они же пользовательские конфигурации), которые народ пишет с нуля или же корёжит типовые конфигурации.