Когда вы открываете внешнюю обработку через Файл-открыть, то просто открывается форма обработки. В этом случае процедуры модуля объекта будут запускаться из модуля формы.
Чтобы при открытии внешней обработки первыми отработали процедуры модуля объекта, их необходимо зарегистрировать в справочнике "ДополнительныеОтчетыИОбр� �ботки". Как описано в Посте #2